Среди морских глубин в районе Большого Барьерного рифа живёт в уединении рыбка-клоун по имени Марлин. Растит своего единственного сыночка Немо и страшно переживает, что дитя неразумное, попадёт в какую-нибудь предрягу. А малыш, естественно, мечтает поближе познакомиться с окружающим миром. С этим-то ничего не поделаешь! Ему очень хочится ходить в школу. Но вот однажды несмышлёныш Немо попадается в сачок опытного ихтиолога и оказывается вдалеки от своего родного дома. Отчаявшийся Марлин готов на всё, чтобы вызволить сына из неволи, хотя и понимает, чтоо ему явно нехватает решимости и смелости. Но что не сделаешь ради спасения сына? Добрейшая рыбка Дори, приходит ему на помощь, и вместе они отправляются полных опасностей приключений - из американских вод в далёкую Австралию, в бухту Сиднея.
Сын же попадает в огромный аквариум, который украшает приёмную зубного врача, и вместе с другими обитателями стеклянной тюрьмы начинает готовить план побега. Надо торопиться, ведь со дня на день должна появиться страшная "рыбоедка" Дарма - малолетняя племянница стоматолога! Но в отличие от своего отца,Немо ничего не боится. Он готов на всё, лишь бы выбраться на свободу. Не зря же обитатели аквариума прозвали рискового малыша Смельчаком.